A abordagem terapêutica da endometriose depende dos problemas particulares de cada paciente, isto é especificamente se o seu problema é a dor pélvica ou se por exemplo está a tentar engravidar e não consegue. A dor pélvica crónica pode originar fadiga, insónia e depressão e alterar o desempenho e as rotinas diárias da mulher. A terapêutica deve ser, sem dúvida alguma, personalizada e a seriedade dos sintomas, o desejo de gravidez, os gastos com a medicação e os efeitos adversos devem condicionar as opções.

Se a fertilidade é necessária, mas a dor é a complicação principal, então o tratamento é usualmente com analgésicos, de forma isolada ou combinados com tratamento cirúrgico. Os analgésicos apropriados incluem os anti-inflamatórios não esteróides (o naproxeno e o ácido mefenâmico são particularmente eficazes). Existem evidências de que os anti-inflamatórios não esteróides (AINEs) inibem o processo de ovulação, mas a dor provocada pela endometriose geralmente ocorre no momento da menstruação e não no meio do ciclo e portanto, estes medicamentos devem ser seguros em mulheres que desejam engravidar.

Ao avaliar o resultado do tratamento da endometriose, é essencial distinguir entre a regressão visível da doença, avaliada idealmente pela laparoscopia ou pela RMN / ecografia endovaginal 3D, e o resultado desejado, isto é, alívio da dor e/ou gravidez. Todavia as laparoscopias são geralmente reservadas para pacientes dentro de ensaios clínicos, em vez de fazerem  parte da prática clínica de rotina.

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Terapêuticas com efeito hormonal

Os medicamentos que presentemente são usados para o tratamento desta doença ou induzem um ambiente hiperprogestagénico (estroprogestativos e progestativos) ou provocam uma diminuição dos níveis de estrogénio no organismo (agonistas da GnRh). É preciso ter a noção de que todas estas terapêuticas são apenas supressoras e não curam a endometriose, pelo que a reincidência é comum após a paragem da medicação, isto é, o tratamento médico parece não impedir a progressão da doença. Sendo assim o terapêutica médica da endometriose deve ser considerada uma terapia de longa duração. O principal objetivo do tratamento é aliviar a dor e atenuar outros sintomas, incrementar a probabilidade de gravidez e diminuir, se possível, as lesões endometrióticas.

Estroprogestativos

Os estroprogestativos, quando a mulher não pretende engravidar, são normalmente a primeira linha para a terapia da dor pélvica crónica relacionada com endometriose. Estes pela sua ação anti-gonadotrófica reduzem a produção de estrogénios e promovem a decidualização, induzindo a atrofia dos implantes de endometriose.

Os contracetivos orais combinados (COC) são eficientes no controlo da dor pélvica e da dismenorreia em mais de 80 % das mulheres e podem ser tomados de forma cíclica ou contínua. Parece não existirem diferenças significativas, em relação à eficácia na dor, entre os diversos contracetivos hormonais, sendo válida também a utilização do anel vaginal e do patch transdérmico.

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O uso de COC tem como efeito uma redução do sangramento menstrual e as taxas de endometriose em mulheres que estão a tomar estes medicamentos ou que pararam recentemente são baixas, em comparação com aqueles que interromperam o COC  por mais de 12 meses. Alguns estudos demonstraram que os COC tomados de forma contínua (sem o período de pausa) foram mais eficazes no alívio da dor.

Os COC são habitualmente bem tolerados, com poucos efeitos secundários, podem ser administrados por longos períodos, são bastante económicos e permitem um melhor controlo do ciclo do que os progestativos e com menor incidência de hemorragias uterinas anómalas. Contudo vários estudos indicam que o seu uso não está associado a uma melhoria da fertilidade. Até hoje não se sabe ao certo se os contracetivos combinados orais devem ser prescritos profilacticamente em mulheres com história familiar pesada de endometriose.